Ketidakpastian estimasi adalah komponen penting inventarisasi nasional. Kegunaannya adalah untuk membantu meningkatkan akurasi inventarisasi seiring berjalannya waktu dengan memandu keputusan pilihan metodologis dan prioritas penyempurnaan hasil inventarisasi. Ketidakpastian estimasi tidak digunakan untuk mempertanyakan validitas estimasi emisi dalam inventarisasi nasional. Penilaian tersebut dilakukan melalui kajian proses penilaian teknis. Estimasi dan komunikasi ketidakpastian harus bisa dipertahankan baik secara praktis maupun ilmiah. Misalnya, pendekatan praktis mengakui bahwa menghasilkan estimasi ketidakpastian kuantitatif akan bergantung pada ketidakpastian yang terkuantifikasi secara statistik selain juga penilaian pakar.
Mengidentifikasi sumber ketidakpastian adalah langkah pertama estimasi ketidakpastian. Sumber ini biasanya terpilah menjadi ketidakpastian terkait emisi dan serapan (mis. biomassa awal, pertumbuhan, peralihan, dan kecepatan dekomposisi) dan ketidakpastian terkait data aktivitas (yakni area tempat emisi terjadi). Kerangka kerja INCAS dirancang untuk menggunakan data terbaik yang tersedia untuk tiap masukan. Segala upaya telah dilakukan untuk mengurangi ketidakpastian tiap variabel masukan dan langkah pemodelan melalui proses pengendalian mutu dan penjaminan mutu.
Detail lengkap Analisis Ketidakpastian INCAS tersedia dalam publikasi Metode Standar INCAS di sini.